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DATA 1.4 – Analyse de données biologiques à grande échelle avec R

Apprendre à traiter des données biologiques à grande échelle en utilisant R !
Prochaine session : à venir
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Présentation

Cette formation offre une introduction approfondie aux techniques d’analyse et de visualisation de données complexes issues de la biologie, telles que les données transcriptomiques et génomiques. Ce cours aborde les problématiques liées à la gestion de grandes quantités de données, en se concentrant sur l’optimisation des performances avec R et ses bibliothèques, notamment data.table et igraph. Les participants apprendront à importer, nettoyer, et analyser des données massives tout en développant des compétences pour choisir les méthodes appropriées de visualisation, comme la réduction dimensionnelle avec PCA et tSNE.

Programme

1. Introduction aux données biologiques à grande échelle

  • Exemples de données (Transcriptomique, Génomiques, …)
  • Variables et Observations (Catégorielles / Quantitatives)
  • Structures de données : tables, hiérarchiques, graphes, hybrides
  • Problème de la dimensionnalité des données
  • Limites et contraintes de l’analyse de données à grande échelle

 

2. Outils pour l’analyse et la visualisation de données

  • Formats de fichiers, conversion, reformatage, compression
  • Avantages et limitations de R pour l’analyse de données à large échelle
  • Utilisation de la bibliothèque data.table
  • Interfaçage de R avec Python en utilisant la librairie reticulate
  • Stratégie d’analyse avec R, optimisation des performances

 

3. Visualisation de données

  • Réduction de dimensions avec PCA et tSNE
  • Visualisation en 2 dimensions de données à large échelle
  • Visualisation de données sous forme de graphes avec la librairie igraph
  • Application aux données transcriptomiques et protéomiques
  • Exemples de données (Transcriptomique, Génomiques, …)
  • Variables et Observations (Catégorielles / Quantitatives)
  • Structures de données : tables, hiérarchiques, graphes, hybrides
  • Problème de la dimensionnalité des données
  • Limites et contraintes de l’analyse de données à grande échelle
  • Formats de fichiers, conversion, reformatage, compression
  • Avantages et limitations de R pour l’analyse de données à large échelle
  • Utilisation de la bibliothèque data.table
  • Interfaçage de R avec Python en utilisant la librairie reticulate
  • Stratégie d’analyse avec R, optimisation des performances
  • Echelles d’évaluation et barèmes
  • Évaluation en Assurance Indemnités (INAMI)   
  • Evaluation des accidents médicaux sans responsabilité (FAM)
  • Evaluation des accidents du travail (secteur public)
  • Evaluation en OML
  • Evaluation des victimes d’attentats
  • Evaluation des accidents du travail (secteur privé)                      
  • Evaluation des maladies professionnelles                       
  • Médecine légale            
  • Séminaires        
  • Séances d’observation

Méthodologie

Théorie
Pratique

Objectifs

  • Comprendre les concepts fondamentaux de l’analyse et de la visualisation de données biologiques à large échelle
  • Apprendre à importer, nettoyer et prétraiter des données biologiques
  • Apprendre à manipuler et visualiser des données volumineuses ou comportant un grand nombre de variables et d’observations
  • Développer la capacité de choisir les bonnes méthodes et librairies pour l’analyse de données à large échelle.
  • Apprendre à utiliser les librairies data.table et igraph

Equipe pédagogique

Intervenant

Matthieu Defrance
Senior Researcher at IB2
Université libre de Bruxelles

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Gros plan sur une main en train de taper sur le clavier d’un ordinateur portable, symbolisant le travail, l’apprentissage en ligne ou l’utilisation des technologies numériques dans un cadre professionnel ou éducatif.

Infos pratiques

Horaire

2 sessions de 3 heures

Prochaine session :

  • à venir

Lieu

En distanciel synchrone* via Teams

Admission

Pour qui

Responsables de projets, techniciens, biotechnologues, chercheurs, professionnels de la santé qui souhaitent acquérir des notions pratiques utiles dans leur pratique professionnelle

Prérequis

Tarifs

Tarif plein :

  • 380€

Tarif réduit pour les institutions publiques, académiques et ASBL :

  • 270 €

Tarif réduit pour les doctorants & institutions hospitalières ULB :

  •  190€

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Contact

Valérie LAMBERT

Coordinatrice de formation

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F.A.Q

Les formulaires d’inscription sont à remplir directement en ligne. Ceux-ci sont composés de questions sur votre parcours académique et/ou professionnel. Il vous sera également demandé de télécharger une copie de votre carte d’identité.

Si les inscriptions ne sont pas ouvertes, vous avez la possibilité de manifester votre intérêt pour cette formation en cliquant sur le bouton « cette formation m’intéresse !« 
Une fois le formulaire soumis, nous serons informés de votre intérêt. Vous serez alors averti par email dès l’ouverture des prochaines inscriptions. 

Nous avons la réponse parfaite pour vous : une formation sur mesure !

Tous nos programmes peuvent être adaptés pour répondre aux besoins spécifiques de votre entreprise, que ce soit en termes de modalités d’apprentissage, de contenu ou de durée. Nous collaborons avec vous pour comprendre votre projet et vous proposer des solutions sur mesure.

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